A produção de AFP ocorre principalmente no fígado e no saco vitelino do feto e em quantidade inferior em outros órgãos. A AFP é detectada na circulação fetal aproximadamente 30 dias após a concepção. Após atingirem o pico de concentração em 13 semanas de gestação, os níveis reduzem-se gradualmente e até ao nascimento. Por volta dos 2 anos de idade, os indivíduos normais apresentam apenas traços de AFP. Níveis elevados de AFP reaparecem nos adultos em determinadas doenças malignas e durante a gravidez. A alfafetoproteína é um biomarcador de tumores hepáticos e testiculares. Sua dosagem está indicada no acompanhamento de portadores dessas condições.
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