A medição da alfa-amilase na urina é utilizada no diagnóstico de pancreatite aguda onde encontra-se elevada, e das macroamilasemias onde encontra-se diminuída. No diagnóstico de pancreatite, no entanto não tem elevada especificidade visto que seus níveis aumentam também na insuficiência renal, perfuração duodenal, uso de grandes doses de corticoides, após cirurgia abdominal, câncer pancreático e hemoglobinúria (presença de hemoglobina na urina em concentrações anormalmente altas)
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